Pada struktur organisasi, Balai Diklat Keagamaan Surabaya dikepalai oleh pejabat eselon III. Dalam melaksanakan tugasnya, Kepala Balai Diklat (saat ini dipegang oleh Dr. H. Japar, M.Pd.) menerapkan prinsip koordinasi, integrasi, dan sinkronisasi, baik dengan instansi pada Kementerian Agama maupun di luar Kementerian Agama berdasarkan rencana strategis Kementerian Agama.
Kepala Subbagian Tata Usaha (saat ini dipegang oleh Dr. H. Muslimin, M.M.) mempunyai tugas melakukan penyusunan rencana dan program, urusan keuangan dan barang milik Negara, kepegawaian dan tata laksana, pengelolaan perpustakaan, informasi kediklatan dan kerumahtanggah, serta pelaporan pada Balai Diklat Keagamaan.
Kepala Seksi Diklat Tenaga Administrasi (saat ini dipegang oleh Danang Eka Sandi, S.Sos., M.M.) mempunyai tugas penyiapan, pelaksanaan, evaluasi dan pelaporan diklat tenaga administrasi.
Kepala Seksi Diklat Tenaga Teknis Pendidikan dan Keagamaan (Saat ini dipegang oleh Machzudi, S.Ag., M.Si). mempunyai tugas melakukan penyiapan, pelaksanaan, evaluasi dan pelaporan diklat tenaga teknis pendidikan dan keagamaan.
Sedangkan jabatan fungsional tertentu memiliki tugas sesuai dengan kelompok jabatan masing-masing sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku